Com aproveitamento de 30% dos pontos disputados ao longo do campeonato, o Guarapuava nunca esteve acima do décimo lugar na LNF2016. Apesar de passar doze rodadas fora da zona de classificação, o clube paranaense garantiu a penúltima vaga nos Playoffs, mesmo com as transferências de jogadores importantes, como Diego Fávero e Mauricinho, durante a disputa.

Nas oitavas de final encarou a Copagril. Contra o adversário do mesmo estado, perdeu em casa por 2×1, mas manteve a esperança, pois conquistou a maior parte dos seus pontos como visitante e ficou entre os oito melhores no quesito na Liga.  Em Marechal Cândido Rondon, contudo, sofreu nova derrota por 2×1 e a consequente eliminação da LNF.

Eliminado nas oitavas
Colocação – 16º lugar
Vitórias – 4
Gols pró – 46
Artilheiro da equipe – Daniel Feitosa– 13 gols, 0,7 por partida